Infeksi saluran kemih paling sering disebabkan oleh infeksi bakteri Escherichia coli (E. coli), di saluran kemih. Bakteri ini sebenarnya hidup di saluran pencernaan, namun bisa menginfeksi dan berkembang biak di saluran kemih.

Infeksi terjadi ketika bakteri memasuki saluran kemih melalui lubang kencing. Pada wanita, umumnya kondisi tersebut terjadi karena cara yang kurang tepat dalam membersihkan daerah dubur setelah buang air besar. Tangan atau tisu toilet yang digunakan untuk membersihkan anus, bisa secara tidak sengaja menyentuh lubang kencing, sehingga membuat bakteri masuk ke saluran kemih. Bakteri yang sudah berada di saluran kemih, dapat menimbulkan infeksi uretra (uretritis), infeksi kandung kemih (sistitis), hingga infeksi ureter (ureteritis) dan infeksi ginjal (pielonefritis).